RICM4: Probabilité et Simulation

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Informations Générales

Florence Perronnin est chargée des cours. Arnaud Legrand et Florence Perronnin s'occupent des TDs.

Le planning avec les salles de cours est disponible ici.

Voici les annales des quicks des années précédentes.

Programme du cours

Machines perso obligatoires en TD.

  • 6 Septembre 2016 (8:00 - 9:30): Cours (FP)
    • Documents: Présentation des objectifs du cours. Activité autour du paradoxe des aniversaires:
    • À faire pour vendredi:
      1. Installer Rstudio sur votre portable. Pour cela, voir la section sur Rstudio un peu plus bas.
      2. Préparez le TD en suivant ce tutorial. Il y en a pour 40-45 minutes de lecture mais c'est très progressif et il y a 10 minutes de petits exercices pour vérifier que vous avez bien compris.
  • 8 Septembre 2016 (8:00 - 11:15): TD (AL) Au programme:
    • Évaluation de votre autonomie (Rstudio installé, tuto essayé, …)
    • Prise en main de R et de RStudio, premiers documents avec Rmarkdown.
    • Poursuite du document sur les anniversaires afin de simuler ce scénario et étudier l'impact de la taille de la classe sur la fréquence de "colision". Voici le résultat final (sources)
  • 15 Septembre 2016 (9:45 - 13:00): TD (FP)
    • Préparation du TD:
      • Préparez le TD en suivant ce tutorial. Il y en a pour 40-45 minutes de lecture. Il présente les principaux types et structures de données en R et permettre de démystifier un certain nombre de choses. C'est très progressif mais ne brulez pas les étapes pour bien tout comprendre. Les exercices sont faciles.
      • Objectifs de la séance: Modéliser et simuler des situations simples. Faire le lien entre la modélisation mathématique et le code de la simulation.

Technical references

Installing R and Rstudio

Virtual Machine

Les anneés précédentes, je préparais une VM avec une debian récente, toute bien installée mais ça n'a pas eu l'air d'aider tant que ça les gens donc débrouillez vous, et installez le en natif, ça sera formateur! ;)

Mac OSX

A few years ago, a nice RICM4 student, Remi Gattaz, has taken the time to explain how to install a bunch of useful stuff. Here it is. In particular he gave many tips for MacOSX…

Linux

Here is how to proceed on debian-based distributions:

sudo apt-get install r-base r-cran-ggplot2 r-cran-reshape

Make sure you have a recent (>= 3.2.0) version or R. For example, here is what I have on my machine:

R --version
R version 3.2.0 (2015-04-16) -- "Full of Ingredients"
Copyright (C) 2015 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under the terms of the
GNU General Public License versions 2 or 3.
For more information about these matters see
http://www.gnu.org/licenses/.

If it's not the case, it may be because you're running debian stable or a LTD ubuntu. In such case, you may want to include testing packages… Ask your local linux guru or run a VM (see previous section) if you're affraid to break your OS. For the braves, let's keep going!

Rstudio and knitr are unfortunately not packaged within debian so the easiest is to download the corresponding debian package on the Rstudio webpage and then to install it manually (depending on when you do this, you can obviously change the version number).

wget https://download1.rstudio.org/rstudio-1.0.153-amd64.deb
sudo dpkg -i rstudio-1.0.153-amd64.deb
sudo apt-get -f install # to fix possibly missing dependencies

You will also need to install knitr. To this end, you should simply run R (or Rstudio) and use the following command.

install.packages("knitr")

If r-cran-ggplot2 or r-cran-reshape could not be installed for some reason, you can also install it through R by doing:

install.packages("ggplot2")
install.packages("reshape")

You may have trouble when installing some R packages. If so, try to install these ones:

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev libssl-dev

Bibliographie